Une des principales indications de la chirurgie dans la pancréatite chronique est la douleur rebelle. L'intervention consiste soit en une résection au pancréas, soit en un drainage du canal de Wirsung par une anastomose wirsungo jéjunale. Ce drainage du canal n'est possible que si le canal de Wirsung est dilaté. Si ce n'est pas le cas, une alternative thérapeutique consiste à faire une transection verticale du corps du pancréas suivie d'une reconstruction par l'interposition d'une anse en Y de Roux au jéjunum.