Le traitement endoscopique de la pancréatite chronique a débuté vers 1976 par la sphinctérotomie endoscopique et s'est surtout développé depuis l'utilisation de la lithotritie extracorporelle survenue dès 1987. Les principes du traitement sont analogues à ceux régissant le drainage chirurgical du canal de Wirsung, avec la particularité que ce drainage se fait par voie transpapillaire vers le duodénum et concerne l'entièreté des deux canaux principaux du pancréas (Wirsung et Santorini), ainsi que les trois segments du pancréas (tête, corps et queue).

Une des principales indications de la chirurgie dans la pancréatite chronique est la douleur rebelle. L'intervention consiste soit en une résection au pancréas, soit en un drainage du canal de Wirsung par une anastomose wirsungo jéjunale. Ce drainage du canal n'est possible que si le canal de Wirsung est dilaté. Si ce n'est pas le cas, une alternative thérapeutique consiste à faire une transection verticale du corps du pancréas suivie d'une reconstruction par l'interposition d'une anse en Y de Roux au jéjunum.